上海市兒童醫院是一所集醫療、保健、教學、科研、康復于一體的三級甲等兒童醫院，前身是由我國著名兒科專家富文壽及現代兒童營養學創始人蘇祖斐等前輩于1937年創辦的上海難童醫院，1953年更名為上海市兒童醫院，2003年成為上海交通大學附屬兒童醫院。

醫院職工1000余人，2013年度門診量約140萬人次，年住院病人約2萬3千人次，年手術例數約1.9萬。2014年3月投入運營的瀘定路院區位于普陀區長風生態商務區，毗鄰普陀區婦嬰保健院，北靠同普路，東鄰瀘定路。普陀院區占地面積約39畝，核定床位550張。北京西路院區占地面積1.59公頃，建筑面積約2.5萬平方米，核定床位150張。2013年4月28日普陀門診部啟用運營，自2014年3月始為兒童康復中心，為患兒提供包括聽力殘疾、視力殘疾、智力殘疾、肢體殘疾、精神殘疾的康復治療。

醫院擁有中國工程院院士1名、博士生導師6名、碩士生導師31名，擁有高級職稱專家百余名。設有22個臨床專科，包括重癥醫學科、新生兒科、腎臟科、呼吸科、血液科、消化科、心臟內科、神經內科、內分泌科、普外科、胸心外科、神經外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉頭頸外科、兒童保健科、皮膚科、眼科、中醫科、口腔科、康復科等。

醫院也是上海醫學遺傳研究所、上海市兒童保健所、上海市兒童急救中心、上海市新生兒篩查中心、上海市兒童康復中心所在地。在兒童呼吸道重癥感染、哮喘、腎病綜合征、先天性心臟病、川崎病、性早熟、癲癇、新生兒缺氧缺血性腦病、學習困難;先天性泌尿畸形、消化畸形、骨骼畸形、耳鼻咽喉疾病等專科疾病診治方面具有特色。在疑難雜癥的診治上更積累了豐富的經驗，是國內首家成功開展連體嬰兒分離術的兒童專科醫院。

醫院作為上海交通大學醫學院的臨床教學基地，設有博士、碩士專業點及博士后流動站。承擔醫學、護理等專業的帶教任務。每年舉辦國家級、市級繼續教育學習班。接受全國各地的進修醫生和護士。醫院對外交流頻繁，與美國、俄羅斯、加拿大、奧地利、日本、新加坡、韓國、英國等國的醫療機構有合作項目。

近年來醫院承擔了國家“863”、“973”重點攻關項目、國家重大專項課題項目、國家自然科學基金項目、教育部及上海市科委基金項目、上海市衛生局及申康醫院發展中心科研項目以及國際合作科研項目等的研究工作。兒科重癥、重點實驗室被評為國家臨床重點專科。多人次入選“上海市千人計劃”、“上海市衛生系統領軍人才”、“上海市衛生系統百人計劃”、“新世紀人才計劃”、“上海市浦江計劃”、“上海市曙光計劃”和“上海市啟明星計劃”等。以著名科學家曾溢滔院士領銜的上海醫學遺傳研究所始終瞄準本學科的國際前沿，近40次榮獲國家、部委和上海市的重大成果獎勵，重要科研成果曾在國際權威醫學雜志《自然》等上發表。

作為上海市文明單位，上海市兒童醫院多次獲得愛國衛生先進單位、無煙醫院和綠色醫院等光榮稱號。醫院將秉承 “為兒童服務就是幸福”的宗旨，堅守“厚德、慈愛、敬業、創新”的院訓，為將上海市兒童醫院打造成 “精品醫院、人文醫院、智慧醫院”的愿景努力奮斗。