重慶醫科大學附屬兒童醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院。

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最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士后流動站，是首批兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家級繼續醫學教育基地、國家級教學團隊、國家精品課程、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構、全國住院醫師規范化培訓示范基地、國家級兒童早期發展示范基地、國家干細胞臨床研究備案機構、重慶市兒科臨床醫學研究中心;擁有重慶市重點實驗室3個和重慶市干細胞治療工程中心;先后獲得全國文明單位、全國“三八”紅旗單位、全國優秀衛生計生機構、全國衛生系統先進集體、全國精神文明建設工作先進單位、全國醫德建設先進單位，國家衛計委醫政醫管局2016年“改善醫療服務示范醫院”、國家衛計委“2015—2017年改善醫療服務先進典型”構建和諧關系示范醫院。在全國最佳醫院排行榜中位居全國兒童醫院第三位。

兒科學院是全國規模最大的兒科醫師培養基地和兒科學國家級繼續教育基地、住院醫師規范化培訓基地，承擔著臨床醫學(兒科方向)本科、碩士、博士、博士后教育及臨床進修、醫師規范化培訓等教學任務。年招收本科、碩士、博士研究生400-500名，進修生及規范化培訓人員200-300名。擁有先進、齊備的教學設備和臨床技能訓練室供學員學習和模擬訓練。

兒科研究所為醫院科研的重要基地，是發育與疾病教育部重點實驗室，以“發育與疾病”為主線形成“免疫與感染”“神經精神疾病”“先天畸形與組織工程”“腫瘤發病機制與個體化治療”四大方向，初步形成基礎與臨床相互合作與滲透的構架。小兒臨床免疫、兒童保健、兒童呼吸病學、泌尿外科和新生兒病學是重慶市醫學重點學科。團隊引進多名加拿大UBC大學(包括皇家科學院院士和健康科學院院士各1名)和其他海外大學高端科研人才，榮獲中組部“千人計劃”稱號、教育部“長江學者”講座教授、重慶市首屆“兩江學者”等。醫院保持了全國兒科學科學研究的先進地位：牽頭國家衛生計生委行業公益性科研專項1項(1399萬元)，國家自然科學基金重點項目資助3項，國際合作重點項目兩項，獲國家自然科學基金資助項目數連續10年名列全國兒科界第一位。

醫院高度重視國際交流與合作，已經與16所國外一流大學、科研機構建立了穩定的合作關系，與美國辛辛那提兒童醫學中心、英國倫敦大學醫學院兒童健康研究所等單位建立長期全面合作關系。

醫院主動承擔社會責任，參與公益活動，申請到“明天計劃”、“微笑列車”、“重生行動”、“肢殘兒童矯治計劃”、神華集團捐贈“白血病基金”等各種基金項目，并牽頭建立 “重慶市希望工程--小天使基金”，為緩解貧困疾病兒童看病難做出了積極貢獻，獲全國婦聯慈善貢獻獎。

醫院堅持開放合作，共同發展，牽頭組建西部兒科發展聯盟，并擔任聯盟理事長單位，該聯盟輻射西部10個省區市，聯盟成員共計132家。牽頭組建重慶市兒科發展聯盟，全市39個區縣、61家兒科醫療單位共享優質醫療資源。為促進中國兒科事業發展做出了積極貢獻。