南京大學計算機科學與技術系所建計算機科學與技術一級學科是國家一級重點學科和江蘇省重中之重學科，所屬計算機軟件與理論、計算機應用技術兩個二級學科均被確定為國家重點學科，擁有計算機科學與技術一級學科博士學位授予權，建有計算機科學與技術博士后流動站。

南京大學的計算機科學研究起步于1958年，建立了計算技術、計算數學、數理邏輯等專業開始培養計算機相關領域專門人才，1978年在上述三個專業基礎上成立了計算機科學系，1993年更名為計算機科學與技術系。南京大學計算機科學與技術系在建系前和建系初期就曾取得令人矚目的成就：上個世紀60年代調試成功了當時國家高等教育部所屬高校第一臺計算機，實現了我國第一個高級語言編譯程序;70年代分別主持了國產DJS-210中型計算機和XT-1操作系統等軟件系統的研制;80年代研發了國內第一個分布式系統ZCZ，培養出中國大陸第一位計算機軟件博士。建系以來，南京大學的計算機學科建設進入快速發展期，在隊伍建設、人才培養、科學研究等方面一直位居國內先進行列。

目前該系在職教職工111人，其中教授27人(含博士生導師24人)，副教授、高級工程師31人。師資隊伍中，有中國科學院院士1人，國家有突出貢獻的中青年專家3人，國家杰出青年科學基金獲得者5人，教育部長江學者計劃特聘教授2人，教育部跨(新)世紀人才計劃入選者9人，江蘇省有突出貢獻的中青年專家1人，江蘇省教學名師1人，江蘇省十大杰出青年1人，江蘇省333工程第一層次入選者2人，江蘇省青藍工程學術帶頭人2人，中國青年科技獎獲得者2人，教育部高等學校優秀青年教師獎獲得者1人，教育部霍英東基金或霍英東獎獲得者3人，寶鋼獎教金獲得者2人，中創軟件人才獎獲得者5人，江蘇省青年科技獎獲得者2人。

該系建立了從本科生、碩士生、博士生直至博士后研究人員的完整人才培養體系，同時培養計算機技術領域和軟件工程領域的工程碩士。目前各類在讀本系學生逾2000人，并專門設有大學計算機基礎教學部承擔全校計算機基礎公共課程教學任務。該系重視教學和人才培養，2篇博士學位論文評選為全國優秀博士論文，多項教學成果獲得省部級獎勵，“計算機科學與技術”本科專業被評選為江蘇省品牌專業。在校學生中不乏具有較強理論功底、實踐能力和創新意識的佼佼者，在國內外一些大學生科技競賽中屢獲佳績。畢業生普遍受到用人單位好評。

依托該系師資，先后成立了南京大學計算機軟件研究所、計算機軟件新技術國家重點實驗室(南京大學)、南京大學計算機應用研究所、南京大學多媒體計算技術研究所、南京大學軟件工程中心(江蘇省軟件工程研究中心)、南京大學信息安全研究所等科研機構。主要科研方向有：軟件自動化與形式化、分布與并行計算及新型網絡、新型程序設計與軟件方法學、多媒體與信息處理、人工智能與機器學習、系統軟件及信息安全等。建系30年來，共承擔國家973計劃、國家863計劃、國家攀登計劃、國家自然科學基金、國家科技攻關等重大科技計劃項目以及省、部、委科研項目和企事業委托或國際合作的研發項目300余項，科研成果獲得各種獎勵80余項，其中國家科技進步獎一等獎1項、二等獎4項、三等獎2項，省部委自然科學獎和科技進步獎特等獎2項，一等獎8項，二等獎37項。發表論文3000多篇，出版專著、教材50多部，申請國家發明專利33項。部分成果被轉化為產品，產生了較大社會效益和經濟效益。

該系密切跟蹤IT領域國際學術前沿，十分注重國際學術交流，先后與美國、加拿大、澳大利亞、日本、韓國、新加坡、印度、英國、德國、法國、意大利、瑞士、瑞典、葡萄牙等二十多個國家以及港、澳、臺地區的眾多大學、科研機構和企業建立了學術互訪、共同研發、聯合培養研究生等多種形式的交流與合作關系。并成功地舉辦了6次較大規模的國際學術會議和10余次全國性學術會議。

該系建有計算機科學實驗教學中心，分布計算實驗室、軟件自動化實驗室、人工智能實驗室、多媒體技術實驗室，教學和科研實驗條件優良。實驗室總面積約3100平方米，配備有IBM RS/6000 SP2并行機，HP Integrity rx5670集群，Sun HPC3000、IBM AS/400e、SGI Origin200、HP DS20E等小型機，以及140余臺IBM、Sun、SGI、HP、Dell服務器和工作站，800多臺PC臺式機和便攜機，2臺Spirent網絡測試儀，301臺其它教學實驗儀器和接入Internet的Cisco高速有線/無線局域網。還擁有200多平米的圖書閱覽室，室藏中文專業書籍1.1萬余冊，外文專業書籍1.8萬冊。每年訂閱中、外文專業期刊300余種。

南京大學計算機事業開創近五十載，培養了一批又一批的計算機科技人才。六朝古都的豐富歷史內涵與深厚文化底蘊，百年名校的“嚴謹、求實、勤奮、創新”優良學風，幾代學人的扎實工作和奮力拼搏，使她在中國的計算機發展史上，在國內高校計算機學科日趨激烈的競爭中，始終占有重要的一席之地。尤其建系以來，南京大學計算機科學與技術系的研究方向堅持以科學技術前沿和國家重大需求為導向，人才培養堅持嚴謹、求實和創新的標準，基地建設堅持開放、流動、聯合和競爭的方針，隊伍建設堅持結構合理和精干高效的指導思想，目前已經初步形成學科覆蓋面廣、高層次人才培養與科學研究具有特色、基地建設與隊伍建設互相促進、較能適應國際IT技術發展和我國經濟與社會發展需要、在國內外有一定影響的人才培養與科學研究基地。