東南大學信息科學工程學院之前身為南京工學院無線電工程系，其悠久厚重的歷史可追溯至1923年的國立東南大學電機工程系。1928年，國立東南大學電機工程系更名為國立中央大學電機工程系。1932年，陳章先生來到中央大學電機工程系任教授，并于1936年起任系主任，在此期間開創了我國無線電教育之先河。1952年，在全國高等學校的院系調整中建立了南京工學院，電機工程系分設為電力工程系和電信工程系；1953年，先后有浙江大學、復旦大學、交通大學、廈門大學、金陵大學、江南大學、山東工學院等院校的電信工程系并入，建立了南京工學院無線電工程系，陳章教授擔任首任系主任。1956年，約有三分之一的教師和設備調去成都，支援新建的成都電訊工程學院（現電子科技大學）。1962年，電真空器件專業從無線電工程系分出，單獨成立了電子器件系（現東南大學電子科學與工程學院）。2006年，無線電工程系更名為信息科學與工程學院。2018年4月，“信息安全”學科從學院分出，和相關學院組建成立網絡空間安全學院。

學院現有“電子科學與技術”、“信息與通信工程”2個國家一級重點學科，并設有2個一級學科博士學位授權點及博士后流動站，涵蓋“通信與信息系統”、“電磁場與微波技術”、“信號與信息處理”、“電路與系統”等4個國家二級重點學科。2017年，“電子科學與技術”學科和“信息與通信工程”學科雙雙列入國家“雙一流”學科建設名單，第四輪全國高校學科評估結果分別為A和A-。

學院現有移動通信國家重點實驗室和毫米波國家重點實驗室兩個國家重點實驗室、“無線通信技術”國家“2011計劃”協同創新中心、水聲信號處理教育部重點實驗室和射頻集成電路與系統教育部工程研究中心。學院作為核心力量發起建設了網絡通信與安全紫金山實驗室，正努力爭創國家實驗室。該實驗室面向網絡通信與安全領域國家重大戰略需求，以引領全球信息科技發展方向、解決行業重大科技問題為使命，通過聚集全球高端人才，開展前瞻性、基礎性研究，力圖突破關鍵核心技術，開展重大示范應用，促進成果在國家經濟和國防建設中落地。

學院依靠東南大學傳統優勢學科辦學治學的長期積淀，形成了志存高遠、團結奮進、求真創新的學院文化，憑借學科在國際上的良好聲譽和形象，廣納國內外一流學者、知名教授以及學術骨干，形成了一支由高端人才領軍、高水平人才聚集的可持續發展的師資隊伍。全院教職員工242人，其中，專任教師197人，教授/研究員63人，副教授/副研究員94人，博士生導師72人，碩士生導師139人。現有中國科學院院士1人，中國工程院院士1人、國家973/863首席專家4人、IEEEFellow9人、國家高層次人才計劃創新項目5人、國家“萬人計劃”科技創新領軍人才4人、“**學者”獎勵計劃特聘教授13人、國家杰出青年基金獲得者7人、國家青年高層次人才計劃入選者7人、國家優秀青年基金獲得者4人、“**學者”青年特聘教授3人、國家“萬人計劃”青年拔尖人才1人、國家百千萬人才工程入選者6人、國家級突出貢獻中青年專家6人、國家教學名師1人、江蘇省教學名師1人、江蘇省特聘教授2人、教育部跨世紀人才5人、教育部新世紀優秀人才11人、江蘇省“六大人才高峰”人才23人、江蘇省“333”人才22人、江蘇省“青藍”工程人才7人、江蘇省雙創人才5人、國家自然科學基金創新群體2個、教育部創新團隊3個、江蘇省雙創團隊1個。崔鐵軍院士及其團隊入選首批全國高校黃大年式教師團隊。

學院瞄準國際學科發展前沿與國家重大戰略需求，以國際學科前沿及國家產業發展、經濟建設和國防建設重大需求為引領，強化基礎研究，強化優勢特色，注重學科交叉和源頭創新，形成了國內一流的特色科研方向，在基礎研究、關鍵技術及其產業化、應用示范系統和標準化提案等方面取得了豐碩的研究成果，部分研究方向已走在世界前列。2011年以來，作為牽頭單位獲國家技術發明一等獎1項，國家自然科學二等獎3項，國家科技進步二等獎1項，省部級科技成果獎20余項。

學院本科生按“信息工程”專業寬口徑大類招生，該專業為全國首批特色專業建設點，入選2019年度國家級一流本科專業建設點。首批獲得“江蘇省品牌專業”稱號，并在全國率先高標準通過中國工程教育專業認證。碩士生、博士生按通信與信息系統、電磁場與微波技術、信號與信息處理、電路與系統等4個學科招生。現有各類全日制在校生2500余人，其中本科生1000余人，碩士研究生1000余人，博士研究生470余人，留學生20余人。近年來，學院學生在中國“互聯網+”大學生創新創業大賽總決賽中獲金獎2項，銀獎2項，銅獎1項；在“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽中獲全國特等獎、一等獎各1項，二等獎2項；在“創青春”全國大學生創業大賽中獲得金獎5項，銀獎2項；在近四屆全國大學生電子設計競賽中，學院本科生共獲全國一等獎9項，二等獎5項，江蘇省一等獎21項，二等獎16項。近年來，本科生繼續深造率67%以上；各類畢業生分配供不應求，每年用人單位的需求量是應屆畢業生的6～8倍，就業率達100%。迄今為止，學院已培養萬余名畢業生，已成為相關領域的領軍人才和中堅力量，畢業生中有12人當選中國科學院院士或中國工程院院士。