中國科學(xué)院北京分院是中國科學(xué)院機(jī)關(guān)的派出機(jī)構(gòu)，于2005年3月1日成立，負(fù)責(zé)聯(lián)系和管理中國科學(xué)院在北京、天津、山西的研究院所工作，負(fù)責(zé)各單位領(lǐng)導(dǎo)班子建設(shè)、科研成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化（院地合作工作），以及黨建、紀(jì)檢、監(jiān)察、審計和相關(guān)事務(wù)管理工作，并協(xié)調(diào)院與北京市有關(guān)部門的對口聯(lián)系，承擔(dān)院委托的其他工作。

北京分院機(jī)關(guān)設(shè)置8個部門：綜合辦公室、黨群辦公室、科技創(chuàng)新辦公室、干部人事處、監(jiān)督審計處、宣傳培訓(xùn)處、資產(chǎn)財務(wù)處、行政后勤處。

北京分院系統(tǒng)現(xiàn)有40個研究機(jī)構(gòu)，2個公共支撐單位和2個其他單位。分院系統(tǒng)擁有3個國家實(shí)驗(yàn)室和47個國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，10個國家工程實(shí)驗(yàn)室，13個國家工程（技術(shù)）研究中心，104個中國科學(xué)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

截至2019年底，北京分院系統(tǒng)共有在職職工2.4萬余人。其中專業(yè)技術(shù)人員2.1萬余人，包括高級專業(yè)技術(shù)人員10755人，中國科學(xué)院院士117人，中國工程院院士11人。