預算司主要職責是提出財政政策、財政體制、預算管理制度、政府債務管理制度的建議，組織編制中期財政規(guī)劃。編制年度中央預決算草案和預算調(diào)整方案。組織中央一般公共預算、政府性基金預算、國有資本經(jīng)營預算、社會保險基金預算的編制、審核等工作。組織中央部門支出標準體系建設及項目庫管理工作。承擔中央對地方轉(zhuǎn)移支付工作，匯總年度地方財政預算。承擔政府債務管理有關工作。承擔預算績效管理制度體系建設。歸口管理財政部各地監(jiān)管局業(yè)務工作。具體職責如下：

(一)分析預測國家宏觀經(jīng)濟運行情況和全國財政預算執(zhí)行情況，提出運用財稅政策實施宏觀調(diào)控的建議;研究提出財政收支政策、平衡預算措施和加強預算管理的建議。

(二)編制中期財政規(guī)劃;研究提出編制年度預算的指導思想和原則;編制年度中央財政預算草案，匯總?cè)珖斦甓阮A算;研究提出年度政府債務限額的建議。

(三)跟蹤分析全國財政預算執(zhí)行情況;編制中央財政決算草案，匯總編制全國財政決算;辦理中央財政收支預算調(diào)整的申報和預算追加追減等調(diào)劑工作;辦理動用中央預備費的申報事項。

(四)負責政府性基金預算和國有資本經(jīng)營預算管理;擬訂國有資本經(jīng)營預算收支政策，提出編制政府性基金預算和國有資本經(jīng)營預算的指導意見，組織社會保險基金預算的編制、審核等工作。

(五)擬訂中央部門預算管理制度和規(guī)程;負責基本支出定員定額管理，組織開展支出標準體系建設;組織項目庫管理;組織中央部門預算編制、審核、批復、調(diào)劑等工作。

(六)會同稅務總局和海關總署做好年度收入執(zhí)行分析和下年預測;參與國內(nèi)稅收政策和進出口稅收政策的研究并負責出口退稅的指標管理。

(七)擬訂國家財政管理體制，并組織實施;研究明確中央與地方財政事權和支出責任;理順中央和地方財政收入劃分關系;督導地方完善省以下財政體制。

(八)擬訂財政轉(zhuǎn)移支付制度和管理辦法，研究提出國家對革命老區(qū)、民族地區(qū)、邊境地區(qū)的財政政策和支持區(qū)域發(fā)展的財政政策;負責辦理中央對地方的轉(zhuǎn)移支付、稅收返還以及年終結(jié)算等有關事項。

(九)匯總年度地方財政預算。

(十)擬訂政府債務管理的制度和政策;編制中央政府債務余額限額計劃和地方政府債務限額計劃;指導并監(jiān)督地方政府債務管理工作，監(jiān)督地方政府債券資金使用，指導地方政府債務信息公開和績效評價;統(tǒng)計政府債務并評估債務風險，擬訂政府債務風險預警和應急處置政策;會同有關司局組織實施和指導地方財政部門開展隱性債務問責工作。

(十一)牽頭組織全面實施預算績效管理工作，擬訂研究建立預算績效政策和管理制度，組織建設全方位、全過程、全覆蓋的預算績效管理體系，實施預算編制、執(zhí)行和決算各個環(huán)節(jié)的績效管理，組織指導中央部門和地方預算績效管理工作。

(十二)擬訂預算管理制度，制定政府收支分類科目;擬訂中央預決算公開方案，組織指導中央部門預算公開;參與研究制定國家外匯管理的方針政策，研究制定非貿(mào)易外匯管理制度。

(十三)研究中央對新疆生產(chǎn)建設兵團的財政體制和財政政策，指導新疆生產(chǎn)建設兵團預算管理工作，負責其年度財政預決算的審核、批復，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)部內(nèi)新疆生產(chǎn)建設兵團有關工作。

(十四)承擔與全國人大財經(jīng)委員會和全國人大常委會預算工作委員會有關預算事項的聯(lián)絡事宜;負責對審計署審計中央預算執(zhí)行和其他財政收支情況的聯(lián)絡協(xié)調(diào)工作。

(十五)歸口管理財政部各地監(jiān)管局業(yè)務工作。負責監(jiān)管局年度工作計劃的制定、下達和調(diào)整，制定監(jiān)管局業(yè)務歸口管理辦法，指導和協(xié)調(diào)監(jiān)管工作的開展，落實監(jiān)管局工作成果的應用，對監(jiān)管局業(yè)務工作進行考核，統(tǒng)籌推進監(jiān)管局信息化建設等。

(十六)制定政府投資基金管理制度辦法，負責政府投資基金的預算管理。

(十七)辦理部領導交辦的其他事項。