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同安區境，商代屬揚州地，周代為七閩地，春秋戰國時屬越地，秦屬閩中郡。西漢初屬閩越國，元封元年(前110年)屬會稽郡。東漢屬閩侯官縣地，三國時屬建安郡東安縣。晉太康三年(282年)析東安縣置同安縣，當年即廢，屬晉安縣。隋開皇九年(589年)屬南安縣。唐貞元十九年(803年)析南安4鄉置大同場，為同安縣之前身。五代后唐長興四年(933年)正式升場置縣，轄3鄉11里，包括前廈門市、同安縣、金門縣及龍海市一部分。元，改里為都，共3鄉44都。明初，恢復里，又增設在坊里(縣城區)，轄2隅，共3鄉12里2隅44都。成化初，都下設圖，共3鄉12里2隅37都統53圖。清乾隆四十年(1775年)，析民安、翔風2里及同禾里之五、六、七都置馬巷廳。光緒間行保甲制，改圖為保。清末民初，同安縣區劃建制層級為縣、鄉、里、都、保、甲6級。民國元年(1912年)，裁馬巷廳復歸同安縣。民國3年1月，析大小嶝、金門島及嘉禾里置思明縣，次年再由思明縣析大小嶝、大小金門島置金門縣。民國3年，同安縣轄區3個鄉11個里27個都。民國36年，轄13個鄉鎮150個保2325個甲，保持至1949年9月同安解放。1953年11月，劃集美鄉歸廈門市。1957年3月，析灌口區錦宅、金山2個鄉劃歸龍溪縣;4月18日，再將灌口區其余12個鄉劃給廈門市，設廈門市郊區。1971年3月，劃南安縣大嶝公社及石井公社的蓮河、霞浯2個大隊歸屬同安縣。1997年5月撤縣設區。2003年9月，東部新圩、內厝、馬巷、新店、大嶝5個鎮和大帽山農場析出設立翔安區。同安縣轄域面積由解放初的1481平方公里，到1971年縮小為1078.55平方公里，到2003年減為657.59平方公里。同安縣的上級建制宋至清均屬泉州(路、府)，民國初廢府，改隸于廈門道。民國17年，直隸于福建省。民國24年，改隸福建省第四專員公署至解放。解放后先后2次隸屬于晉江專區，1973年9月起隸屬于廈門市至今。